git checkout -b newBranch origin/baseBranch
としていませんか?
これは危険です。
上記の場合、作成されるnewBranchの追跡ブランチはorigin/baseBranchとなります。
※追跡ブランチとは、リモートブランチとつながりを持つローカルブランチのことです。
※追跡ブランチの確認は「git branch -vv」で行えます。
例えば、「git push」(オプションなし)を行った場合は、newBranchの修正が、リモートのbaseBranchにpushされます。
また、「git push origin newBranch:newBranch」(リモートにnewBranchを作成)とした場合でも、その後「git pull」(オプションなし)を行うと、リモートのbaseBranchの修正がnewBranchにマージされます。
新しくブランチを作成する際は、
git checkout -b baseBranch origin/baseBranch
の後(ローカルのbaseBranchで)に
git branch newBranch
を行うことをお勧めします。